Historia szkoły w Mierzeszynie
sięga czasów, gdy właścicielem majątku był Johan von Brochwicz Trembecki. Wybudował on w 1760 roku dwa budynki w pobliżu kościoła parafialnego. W jednym z nich urządził szkołę katolicką, ale ze względu na małą liczbę dzieci katolickich frekwencja nie była zbyt duża.

W 1786 roku rząd pruski przeznaczył szkołę dla ludności wyznania ewangelickiego. W latach 1839-1840 urządzono nową szkołę, która spaliła się wraz z kilkoma innymi gospodarstwami 15 października 1861 roku. Budowę nowej szkoły czteroklasowej ukończono w 1866 roku i zapisano do niej 144 dzieci wyznania ewangelickiego i 30 wyznania katolickiego. W 1870 roku w budynku szkolnym urządzono mieszkanie dla organisty.

Po wybuchu II wojny światowej w budynku szkolnym więziono 43 Polaków, których następnie wywieziono do obozów zagłady. Na pamiątkę powieszono tablicę upamiętniającą. Po zakończeniu działań wojennych misja utworzenia nowej placówki wychowawczej przypadła pochodzącemu z województwa białostockiego Henrykowi Pięciakowi, który został kierownikiem szkoły. Do Mierzeszyna przybył 14 lipca a już we wrześniu w towarzystwie wójta gminy Józefa Olszewskiego, rozpoczął się pierwszy po wojnie rok szkolny 1945/1946 na który zapisano 47 uczniów.

Na przełomie lat 60-tych i 70-tych kierownikiem szkoły była Maria Stryczyńska a po niej Ludwik Jakubek. Od sierpnia 1983 do 31 sierpnia 1985 dyrektorem była Elżbieta Koderko, a od września tego roku do 15 lutego 1987 - Ewa Florczyk. Od 16 lutego 1987 do 31 sierpnia 2004 dyrektorem była Zofia Szymańska, a od 1 września 2004 roku Bogdan Skiba.
 
13 października 2003 roku nadano szkole imię księdza Jana Pawła Aeltermanna. W miarę upływu lat budynek szkolny został poddany licznym remontom. W 2010 roku oddano do użytku piękny, nowy budynek z wielką halą sportową. Niechaj służy on uczniom i społeczności lokalnej i niech kontynuuje swoją zaszczytną historię.